自治会だよりを広報誌に載せることはできますか？

できません。

自治会が発信できるのは、連絡のみになります。

（広報誌を発信できるのは、市区町村および公民館などの地域コミュニティのみです）

他の連絡と混ぜたくない場合、「自治会だより」という連絡ボックスを追加して、そこから発信するという手段はあります。